فیلم داستان مرد جوانی به نام تام که با هویت خود دست و پنجه نرم می کند، برای فرار از مشکلاتش به لاس وگاس سفر می کند. در آنجا با گروهی از افرادی آشنا می شود که به او کمک می کنند تا چیزهای بیشتری در مورد خودش بیاموزد و ...

 "لاک پشت های نینجا" که در نیویرورک هستند ، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ،"تی سی آر آی" آمده می کنند."دکتر باکستر استاکمن" که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند ، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال "آپریل اونیل" خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویروک شوند و …..